所得税の申告漏れが判明したときの対処法

報 [開く]

弁護士・税理士 橘髙　和芳

たちばな総合法律事務所　 代表
税理士法人羽賀・たちばな 代表税理士

　大阪弁護士会所属 52期／登録番号：27404
　近畿税理士会所属 税理士／登録番号：130995

京都大学法学部在学中に司法試験現役合格。弁護士登録後、国税不服審判所（国税審判官 平成24年～同27年）を経て、現職。担当する企業法務案件が「金融・商事判例」など専門誌に掲載された実績。

---

弁護士・税理士 山田　純也

たちばな総合法律事務所
税理士法人羽賀・たちばな 代表税理士

　大阪弁護士会所属／登録番号：38530
　近畿税理士会所属 税理士／登録番号：145169

東京国税局（国税専門官）で銀行/証券会社などの税務調査に従事。弁護士資格取得後、大阪国税不服審判所（国税審判官 平成25年～同29年）として国際課税、信託に係る案件、査察関連案件等に従事し、企業内弁護士を経て現職。

 

 

所得税の申告漏れが判明したときの対処法

所得税の申告漏れに対して、追徴課税のペナルティが発生します。

気づいたら、決して放置せず「いつ・何を・どの手続きで直すか」を整理して速やかに対応することが極めて重要です。
対応が早いほど、延滞税などの追加負担や、税務署からの調査対応にかかる精神的・時間的負荷を大幅に抑えられる可能性があります。

本記事では、申告漏れの典型例から、税務調査や追徴課税の具体的なリスク、加算税・延滞税の計算ルール、税務署から連絡が来る前にやるべき準備、および「期限後申告・修正申告・更正の請求・還付申告」という4つの手続きの選び方までを手順立てて詳しく解説します。

1. 申告漏れの意味とよくある原因

所得税は、原則として毎年1月1日から12月31日までに生じたすべての所得を計算し、翌年の定められた期間内に申告・納税する制度です。

申告漏れとは、確定申告で本来申告すべき所得金額や税額を提出しなかったり、少なく申告したりした状態です。
税金が不足しているケースだけでなく、還付申告の漏れも含まれます。

申告漏れが起こる主な原因は、以下の3つです。

 

「年末調整で全て完結する」という誤解も多いですが、医療費控除などは確定申告が必須です。」

まずは対象年、収入の種類、誤りの箇所を整理することが解決の第一歩です。

2. 申告漏れになりやすい収入の例（副業・フリマ・暗号資産など）

申告漏れは「源泉徴収がない」「データが複数サービスに散らばる」収入ほど起きやすい傾向があります。

代表的な収入例と、税務上の見落としポイントは以下の通りです。

会社員の副業（業務委託の報酬、アフィリエイト、動画配信、配達代行など）は、支払側が源泉徴収しないケースもあり、手取り額だけで判断して申告から漏れやすい分野です。
入金明細、支払調書、Web上の管理画面の年間取引レポートなどを突合し、年間の売上と必要経費をまとめることが重要です。

フリマアプリやネットオークションの売上も誤解が多いです。
家の不要品の処分のように「生活に通常必要な動産」の譲渡は非課税となる場合があります。
しかし、転売目的で商品を継続的に仕入れて販売している場合、その利益は原則として課税対象となります。
税務上の区分は、その活動の規模や実態に応じて「事業所得」または「雑所得（業務）」として適切に申告する必要があります。
どこからが事業性を帯びるかは、取引の頻度、規模、利益目的、継続性などの総合的に考慮して判断されます。もし事業として継続していくのであれば、その実態を客観的に説明できるよう、日々の取引記録を正確に保存しておくことが不可欠です。

暗号資産は、売却して円に戻したときだけでなく、他の暗号資産へ交換したり、商品・サービスの支払いに使ったりした時点で損益が確定することがあり、申告漏れにつながりやすい典型例です。
取引所が複数にまたがると計算が崩れやすいので、各社から発行される『年間取引報告書』や『CSV形式の取引履歴』などをすべて取得し、表計算ソフト等で一括管理して、損益計算の根拠を明確に残しておくことが重要です。

さらに、株式の売却益や配当金（特定口座の源泉徴収ありを選択していない場合）、生命保険の満期保険金、あるいは年金収入なども注意が必要です。

特に年金受給者の場合、「公的年金等の収入金額が400万円以下で、それ以外の所得金額が20万円以下」であれば確定申告は不要というルール（確定申告不要制度）がありますが、医療費控除を受けたい場合などは別途申告が必要です。

個人だけでなく法人成りをした直後の個人の確定申告なども、処理が複雑になり申告漏れが多発するポイントです。

3. 申告漏れの主なパターン（申告していない／少なく申告／控除の入れ忘れ）

申告漏れへの対応は、主に以下の3パターンに分かれ、それぞれ必要な手続きが異なります。
まずはご自身の状況がどれに該当するか確認してください。

 

申告内容に誤りがあった場合、「不足分を自発的に申告してペナルティを最小限に抑える」のか、あるいは「払いすぎた税金を取り戻す手続きをする」のかによって、取るべきアクションと税金面での影響が大きく異なります。

「不足」と「納め過ぎ」のどちらに該当するかで、追加の罰金（ペナルティ）が発生するか、あるいは払いすぎた税金が戻ってくるかという、正反対の展開になります。

 

また、同じ年の中で不足と納め過ぎが混在することもあります。
例えば、収入の計上漏れがある一方で医療費控除を入れ忘れているようなケースです。
このような場合、個別に修正を考えるのではなく、一度「すべての正しいデータ」を反映させた確定申告書をゼロから作成し直すのが実務上の近道です。

4. 申告漏れがあるとどうなるか（税務調査・追徴・信用面）

申告漏れは、税金を追加で払えば終わりとは限りません。
税務署対応、追徴の内訳、そして生活や取引上の信用への影響まで、起こり得ることを現実的に把握しましょう。

申告漏れが見つかる経路は、自分で気づく場合だけでなく、税務署の資料情報（支払調書、金融口座情報、取引プラットフォームの記録等）との突合、第三者からの情報、税務調査などさまざまです。
近年はマイナンバーの紐付けや電子データで把握できる範囲が拡大し、管轄の国税局や税務署による複数年にわたる取引の追跡も容易になっています。

 

追徴課税は、本来の税金（本税）に加えて、申告漏れに対するペナルティである「加算税」と、利息にあたる「延滞税」が上乗せされます。

ここで最も重要なのは、「税務署から連絡が来る前に、自ら進んで申告を済ませること」です。
放置してしまうと、延滞税の期間が伸びるだけでなく、税務署側の把握が先行して加算税が重くなる可能性があります。

不適切な申告や放置は、単に税金を払えば済むという問題だけでなく、個人の社会的信用やビジネスの継続性にも深刻な影響を及ぼすリスクがあります。

4-1. 金融機関の審査への影響（住宅ローン・融資など）

住宅ローンや各種ローンの審査では、直近2〜3年分の「納税証明書」や「確定申告書の控え」の提出を求められます。

 

4-2. 取引先からの信頼失墜（個人事業主・副業）

法人等の取引先がある場合、税務調査をきっかけにビジネス基盤が揺らぐ可能性があります。

 

5. 課される税金の種類（無申告加算税・過少申告加算税・重加算税・延滞税）

申告漏れによるペナルティとして、どの税金がどの条件でかかるか、具体的な税率（割合）を把握しておくことが重要です。

 

ペナルティの回避や軽減は、正確さだけでなくタイミングに左右されます。
「税務署から連絡が来る前に早く出して早く納める」ことが負担軽減の鉄則です。

6. 税務署から連絡が来る前にすべきこと

税務署から連絡が来る前に自主的に申告すれば、追加の税金や対応の手間を大幅に減らせます。
ただし、焦って不完全な申告をするのは危険です。
まずは以下の3ステップで事実と資料を整理しましょう。

 

計算が複雑なケース（取引量が多い、暗号資産があるなど）は、一人で悩まず早めに税理士へ相談するのが、ミスやペナルティを防ぐ一番の近道です。

7. 申告漏れを修正する手続きの選び方

申告漏れの修正は、状況に応じて「期限後申告」「修正申告」「更正の請求」「還付申告」を使い分けます。
どの手続きが適切かを、判断軸と注意点で整理します。
判断の軸はシンプルです。

まず「その年の確定申告書を法定申告期限内に提出していたか」。
次に「正しい税額は増える（追加で払う）のか、減る（払い過ぎていた）のか」です。

 

注意点として、税額が増える方向の修正（期限後申告・修正申告）はスピードが命です。
税務署からの調査通知等の前に自主的に動けるかで、加算税の扱いが大きく変わります。

また、根拠資料が揃っているかで、修正がスムーズに認められるかが変わります。
数字だけ合わせても、根拠が薄いと追加の問い合わせや否認リスクが残ります。

一方、税額が減る方向（更正の請求・還付申告）は、手続きの期限と要件がカギです。
「税額が変わらない単なる訂正」は更正の請求の対象にならないなどのルールがあります。

7-1. 期限後申告（申告自体をしていなかった場合）

期限後申告は、本来の確定申告の期限までに申告書を提出していなかった場合の手続きです。

まずは本当に申告義務があったのかを確認します。
典型的には、給与以外の所得が20万円を超える、2ヶ所以上から給与をもらっている、年末調整を受けていない場合などが該当します。

申告が必要と判断したら、対象年分の申告書を作成し、提出と納付を行います。
作成にあたっては、収入（売上）を漏れなく集計するだけでなく、必要経費、社会保険料控除や生命保険料控除などの各種控除も含めて、正しい課税所得を算出することが重要です。

 

7-2. 修正申告（申告はしたが所得税が足りなかった場合）

修正申告は、期限内に確定申告をした後で、「納める税額が不足していた」と判明した場合に行う手続きです。

この場合は「当初の申告との差額だけを払う」ことではなく、一から正しい所得と税額の計算書（修正申告書）を作成し直すことです。

最重要なのは「提出のタイミング」です。
税務署からの調査通知等の前に自主的に修正申告をした場合、原則として過少申告加算税は全額免除されます。
逆に、税務署から指摘された後に修正する流れになると、加算税の対象となり負担が増大します。
ミスに気づいた段階で、1日でも早く動くことが最も合理的な対処法です。

修正申告書の提出日＝新たな納期限となります。提出しただけで安心してはいけません。
追加税額の納付までを同日中におこなってください。

7-3. 更正の請求（税額を多く申告していた場合）

更正の請求は、期限内に提出した確定申告について、税額を多く申告していた（本来より多く納め過ぎていた、または還付が少なかった）ことが後から分かった場合に、税務署長に対して正しい税額への訂正を求める手続きです。
典型例は、医療費控除やふるさと納税（寄附金控除）の入れ忘れ、所得計算の誤りなどです。

請求できる期限は、原則として本来の法定申告期限から「5年以内」です。
請求が認められるには、訂正によって最終的な税額が減る（または還付が増える）ことが前提になります。

添付資料の考え方としては、税額が変わる根拠を第三者が客観的に追える形で示すことが必要です。
控除証明書類や、所得計算の根拠となる明細を必ず揃えます。
資料が不足すると、税務署での事実確認に時間がかかったり、最悪の場合は請求が認められなかったりするため、提出前に証拠書類をセットで整理しておきます。

7-4. 還付申告（払い過ぎの所得税がある場合）

還付申告は、払い過ぎていた所得税の還付を受けるための申告です。
確定申告の義務がない人（年末調整済みの会社員など）が、後から医療費控除や寄附金控除、初年度の住宅ローン控除などを適用して、納め過ぎた税金を取り戻すために行う手続きでもあります。

提出できる期間は、その年の翌年1月1日から「5年間」です。
期限内申告をしていない人が、過去数年分の控除漏れに気づいて還付を受けたい場合の有効な手段となります。

流れとしては、対象年分の確定申告書を作成して提出し、税務署での審査後に指定した口座へ還付金が振り込まれます。
還付は自動的に行われるわけではないため、申告書に本人名義の口座を正しく記載し、控除の根拠資料を添付または保管しておく必要があります。

8. さかのぼって申告・訂正できる期間の目安

申告漏れに気づいても、いつまでも修正や請求ができるわけではありません。
また、税務署側から指摘（更正・決定）できる期間にも法律上のタイムリミット（いわゆる時効）があります。

さかのぼれる期間の目安は以下の通りです。

 

過去5年（または7年）分の申告漏れが一度に発覚すると、本税に加えて複数年分の重い加算税・延滞税がのしかかります。
そのため、個人の人生設計が狂うほどの金銭的ダメージになることもあります。

「時効まで逃げ切れる」と考えるのは非常に危険です。
発覚が遅れるほど説明コストやペナルティが増大するため、気づいた時点での早期対応が身を守る最大のポイントです。

9. 申告漏れの修正に必要な書類

修正手続きには「客観的な証拠」が不可欠です。
主に以下の資料を準備してください。

 

各種控除の修正では、社会保険料控除の納付証明書、生命保険料控除の証明書、医療費控除の明細書と領収書など、制度が求める法定の証明書類を漏れなく揃えて申告書に添付（または保管）してください。

10. e-Taxでの修正・再申告の進め方

現在、修正申告や期限後申告はパソコンやスマートフォンから「e-Tax（電子申告）」の利用も可能です。
自動計算機能により計算ミスを防ぎやすく、自宅から24時間提出可能です。

e-Taxで進める場合、まずはマイナンバーカードと、読み取りに対応したスマートフォン（またはICカードリーダー）を手元に用意します。
次に、国税庁ホームページ内にある「確定申告書等作成コーナー」にアクセスします。

作成コーナーでは、修正対象となる過去の「〇年分」のメニューを選び、画面の案内に従って「修正申告書」や「期限後申告書」を作成します。元の申告データ（控え）を見ながら、正しい金額を上書き入力していくイメージです。

入力途中で「どの所得区分に入れるべきか」など迷う箇所が出た場合は、国税庁のチャットボットやタックスアンサーを参照するとスムーズです。

送信完了後、追加で納める税金がある場合は、納付手続きまで一気に行うことが重要です。
クレジットカード納付、スマホアプリ納付、インターネットバンキング（Pay-easy）、ダイレクト納付などの電子納税が利用できます。
納付が遅れると延滞税の対象期間が長くなるため、「申告書の送信」と「税金の納付」は必ずセットで行ないます。

11. 書面（郵送・持参）での修正・再申告の進め方

書面提出は、インターネット操作に不安がある方や、証拠資料の束を紙で整理して提出したい方に向いている方法です。

書面で提出する場合、対象年分の申告書の用紙（修正申告書、更正の請求書など）を国税庁サイトから印刷するか、税務署の窓口で入手して手書きで作成します。

また、e-Taxの作成コーナーで金額だけ入力し、完成した申告書をPDFで印刷して郵送・持参することも可能です。

数字の根拠となる明細を同封し、税務署の担当者が確認しやすい順番でクリップ留めしておくと親切です。

郵送提出の場合、送付先はご自身の納税地を管轄する税務署です。
税務上の書類は「通信日付印（消印）」の日付が提出日とみなされます。
加算税の要件などが絡むシビアなタイミングでは、郵便局の窓口で消印を確実に押してもらう（または特定記録や簡易書留で送る）ことが重要です。
また、控えの申告書と切手を貼った「返信用封筒」を同封し、収受日付印が押された控えを手元に必ず残してください。

持参提出は、税務署の開庁時間（平日8:30〜17:00）に行く必要があります。
提出時に窓口でマイナンバーの本人確認が行われます。
記載漏れや添付漏れがないか事前に自己チェックを行い、持参した場合でも必ず控えに収受印をもらって大切に保管してください。

12. 申告漏れを防ぐチェックポイント

申告漏れの原因の多くは、知識不足というよりも、日々の「記録と管理の仕組み」が整っていないことにあります。
意図しない申告ミスは、後から大きな税務リスクとなりかねません。 正確な申告を行うために、まずは以下の3つの視点で管理体制を見直しましょう。

 

判断に迷う取引や特殊な収入が生じた際、自己流の解釈で進めることは非常に危険です。
「知らなかった」という理由であっても、過少申告が判明した場合には、本来の税額に加えて加算税や延滞税などのペナルティが課される可能性があります。

疑問点がある場合は、お早めに税務署の電話相談センターや、我々税理士にご相談ください。事前の対策が、将来の不利益を防ぐ最善の手立てとなります。

13. まとめ

所得税の申告内容に誤りや漏れがあることに気づいた場合、最も重要なのは「放置せず、速やかに自主的な対応を行う」ことです。

税務署からの指摘を受ける前に行動することで、附帯税などの負担を軽減できる可能性があります。
以下のステップに沿って、正確な対応を進めましょう。

 

申告漏れはどなたにも起こり得るミスですが、その後の「初動のスピード」が最終的な税負担の額を大きく左右します。

特に「複数年分の無申告がある」「取引量が多く集計が困難」「暗号資産などの複雑な所得が絡む」といったケースでは、ご自身での正確な再計算には限界があるかもしれません。

税務署から連絡が来る前に、ぜひ一度「税理士法人羽賀・たちばな」へご相談ください。
当事務所には、元国税審判官の経験を持つ弁護士・税理士が在籍しています。
法務・税務の両面から現状分析とサポートおこなっています。
お気軽にお問い合わせ、ご相談ください。